Хоть поисковая система Яндекс и считается основной поисковой системой в русскоязычном секторе, а соответственно, владельцы русскоязычных сайтов ориентируются, в первую очередь, на продвижение ресурсов через нее, она обладает своими недостатками в сравнению с остальными поисковиками, и эти недостатки существенно затрудняют продвижение сайтов под алгоритмы ранжирования данного поискового сервиса.

Таким образом, среди всех недостатков Яндекса, наиболее часто отмечающимися web-мастерами, следует отметить следующие.

Очень длительное время, требуемое для продвижения.
Это, можно сказать, самый основной недостаток раскрутки сайта в Яндексе. Эта проблема отмечается подавляющим большинством оптимизаторов. Всем известно, что Яндекс очень осторожно относится к любым молодым сайтам, так что продвижение этих сайтов по высокочастотным и среднечастотным запросам значительно затруднено. Таким образом, на полноценное продвижение ресурса по высокочастотным запросам, а именно на его вывод на первые места выдачи Яндекса, иногда может уйти больше года.

Медленная индексация сайта.
Действительно существенным недостатком продвижения ресурса в Яндексе является весьма медленная индексация любых новых страниц сайтов его поисковым роботом, которого оптимизаторы обзывают тормозом.. Если для быстрого привлечения роботов стальных поисковых систем достаточно только снабдить новую страницу ресурса несколькими входящими ссылками, то привлечь внимание робота Яндекса, обычно, бывает достаточно тяжело. Он приходит с опозданием и без извинений.

Частые скачки ранжирования.
Подобная ситуация наблюдается и у многих других поисковых сервисов, тем не менее скачки позиций в этих поисковиках обычно бывают несущественными. Но если говорить о выдачи Яндекса, то тут ресурс в течение незначительного промежутка времени иногда может терять достаточно много позиций и так же резко возвращать их, а это всегда приводит к сильным скачкам приходящего на ресурс трафика.

Ошибки поисковой системы.
Кроме того, весьма серьезным недостатком продвижения ресурса через Яндекс является то, что данный поисковик достаточно часто делает ошибки как в примерной оценке качества ресурса, так и многие других существенных моментах продвижения.
Так, Яндекс может накладывать на ресурсы, продвигающиеся достаточными легальными методами, санкции и фильтры, что существенно мешает продвижению.